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一番の違いは、マスターナンバーがあるかどうかではないでしょうか？

一番の違いは
マスターナンバーの存在だと思います。
カバラには「11」「22」という特別なナンバーがあって、
かなりレベルの高い人間だといわれています。

本来、一桁の数字を扱うのが数秘術なので、
ありえない数字なのですが、占い用に神秘性を持たせるために
つけられたという説もあるようですね。

ちなみに「11」の誕生数を持つ人は、感受性に優れ
繊細でとても頭脳明晰。人の気持ちを察するのに長けているため、
とてもさみしがり屋の面があるともいわれています。理想が高く神秘的。
そんな不思議なイメージです。

「22」も頭脳明晰なところは「11」と似ていますが、
こちらは現実的で合理的、実行力と忍耐力に長けた人だといわれています。
「11」が依存心が高いのと比べて「22」は自立しているともいわれています。
強運の持ち主であるとも。

ピタゴラス式の数秘学と、カバラの数秘術では象徴となるカラーが異なる

ピタゴラスの数秘学と、ユダヤ教のカバラの教えである数秘術とでは、それぞれの数字の象徴となるカラーがまったく違います。
例えば、ナンバー1の色は数秘学では赤ですが、カバラの数秘術では白です。赤の色は、情熱的で積極的な様子を意味していて、いわゆる血気盛んなイメージです。一方、カバラの白は清さや威厳などを意味するといわれています。どちらも一つしかない、絶対的で男性的なイメージが共通していますが、微妙に意味合いが違います。そもそも赤と白とでは、相当違いますよね。
ナンバー2については、数秘学ではオレンジ、カバラでは灰色です。これもかなり違います。
ナンバー9は数秘学では虹色ですが、カバラでは紫です。
現在行われている数秘術の占いでは、どちらの色を自分のカラーとするかは、人それぞれの好みに任されているところが大きいようです。

主な違いは「系統の違い」です。

数秘術は「ピタゴラスの定理」で有名なあのピタゴラスが創始したといわれています。簡単にいえば、数には意味があって、世界はすべて数字で表すことができるし、数字によって秩序が生まれるという考え方が元になっています。
この数秘術は、時代の流れとともに他の占術と融合する中で、特にユダヤ教のカバラの書物によって補強されたともいわれていますが、一方で、ピタゴラスよりも何百年も前からカバラには秘儀として伝わっていたという説もあります。
諸説ありますが、ピタゴラスやカバラというのは系統の違いです。現在行われている数秘術やそれにまつわる理論は、一つの系統に偏るものでなく、時代の変遷によって変化したり融合したりして広まっていったものだと考えるといいかもしれません。